对企业来说，内部控制体系自身的设计、建成、运行、评估、改善和维护都会产生成本。准确地提出并定义我们这些成本是一个定量分析计量该成本的前提。
它也是衡量内部控制实施过程中的成本、风险和收益的基础，为企业内部控制制度的建立和决策中内部控制的广度和深度提供了具体而实际的理论依据。
成本评估
在一般情况下，内部控制成本是建设，运行和发生的内部控制和丢失资源的维护过程中的成本。如管理成本增加，生产率下降和信息暂时失真，差的通信信道，雇员怨恨产生和生产质量问题。
在定义内控成本时，我们应该明确的是，虽然良好的内部控制能给企业带来一系列利益，如：生产率提高、原材料等资源的节约、信息沟通途径缩短、信息质量提高等。
通常来说，内部控制的收益是企业凝聚力的提高、管理效率的提高，使整个组织结构更加有效，从而提高经济效益，耗费则是资金、物质的损耗以及效率的暂时性损失。
而内部进行控制是一个可以通过纳入企业管理工作过程的大量制度及活动实现的过程，要确保公司内部风险控制制度被切实执行，就必须对内部控制发展过程施以恰当的监督和评估。
包括内部审计、企业经理、财务人员在内的内部控制评估班子是企业内部控制体系的重要组成部分，担负着企业内部控制体系构建、内部控制过程监督及内部控制结果评价的重任，是监督内部控制其他环节的主要力量。
内部控制的成本不能孤立地评估，更不用说尽可能减少。 内部控制是否实施是成本和风险与其带来的效益综合比较的结果，也是这种内部控制措施与内部控制其他措施协调度、协调效果评价的结果。
例如，确定一个企业进行激励管理制度时，应综合考虑建立和运行激励制度的耗费和由此可以带来的员工工作积极性和效率不断提高的收益。
相反，基于过度关注财务报告的可靠性，公司将设计一个复杂繁琐的内部控制程序，以控制在一个小范围内的误差;或附加的内部控制，企业管理系统的一部分。
或者可以认为是由监管者强加的，从而发展造成内部控制与被控制的对立状态。繁琐的过度控制会使中国企业发展决策和行动速度缓慢、增加一个企业的管理人员成本、企业对市场的反应能力不断下降。
控制和反对派控制的组织状态只关心自己的行为直接后果，而不考虑后续的连带效应，企业带来的，容易导致自私进行控制。
形成各种关系之间的不协调竞争，严重损害组织和谐，最终违背内部控制目标的确立。因此对于企业在内部控制系统建设时，应注意内部管理控制的适度问题。
会计处理
内部控制成本的会计处理，通常包含如下几点内容：
一、设计成本的会计处理。
设计内部控制所发生的人工费用、调研费用、咨询费用及其他管理费用是企业改善管理的一次性支出，一般发生在企业设计内部控制系统的前期，属于企业当期发生的不能直接或间接计入某种产品成本的、直接计入损益的费用。
应作为企业的期间费用的管理费用，在管理费用科目核算，应借记管理费用，贷记相关资产，并在管理费用科目中按费用项目设置明细账，进行明细核算。期末“管理费用”科目余额结转“本年利润”科目后无余额。
二、实施成本的会计处理。
由于该部分耗费是企业正常生产活动中的常规耗费，并伴随生产率提高带来的收益，应计入相关产品成本，会计处理为：将确立控制环境而改变组织结构、分离职责、调整和培训员工等成本，应借记制造费用。
记入标的资产，并且该项目的成本按受试者的制造费用明细，详细的会计设置，并且分配的产品线之间的产品收益率的量。期末“制造费用”科目余额结转“生产成本”科目后无余额。
实施成本会计处理通常分为两个阶段：
（2）内部控制系统稳定期。由于磨合期各项费用发生额不稳定，为避免各期间成本波动过大，应在预计的磨合期间内按预计的实施成本进行均摊，预计值与实际值之间的差额可在后一期调整，若差额较大，可在随后多期内摊销。
（1）内部控制系统磨合期。建立了内部控制制度之后，通过的，在运行期间，每月的内部控制实施成本应该包括在科目相关细节的正常运作进入，在归集制造费用科目的结束，并根据分配收入的金额每条生产线的产品。
三、评价成本的会计处理。
企业在实施过程中的内部控制制度的执行情况的后期成本的评估和除以员工，经理和理性的第三方专业评估师和企业的内部控制制度，以评估的有效性和协调建议产生的成本的改善。
应作为企业的期间费用中的管理费用，贷记相关资产，并在管理费用科目中按费用项目设置明细账，进行明细核算。期末“管理费用”科目余额结转“本年利润”科目后无余额。
四、其他资源损失的会计处理。
成本增加的部分，包括控制程序，批准延长的效率降低的期间，由于不利影响，由于员工不感到可信产生等。这样的不规则发生耗时且难以量化的量被确定，许多公司往往忽视了这部分费用。
这将造成影响企业财务管理会计信息的不完整，对企业经营管理者的决策造成误导，这部分资源损失应在账外进行记录,为企业发展决策提供理论依据。
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